企業清算是處置資產、清償債務、投資者收回資本的過程，增值稅留抵稅額在資產負債表中“應交稅費”科目核算，屬于“應交稅費”的負數余額。在企業注銷過程中，增值稅留抵稅額處理主要注意以下幾個問題：
　　一是企業清算時存貨和已抵扣進項稅金的固定資產發生非正常損失。
　　企業清算時應先進行資產評估、清查，對存貨和已抵扣進項稅金的固定資產發生非正常損失的，應根據《增值稅暫行條例》第十條的規定，作進項稅額轉出處理，需補繳增值稅，調減增值稅留抵稅額。
　　二是企業清算時仍有存貨和已抵扣進項稅金的固定資產。
　　《財政部、國家稅務總局關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕60號）規定，企業清算時，全部資產均應按可變現價值或交易價格，確認資產轉讓所得或損失。企業在向股東分配剩余存貨和已抵扣進項稅金的固定資產前，需以銷售、抵頂債務方式處理存貨和已抵扣進項稅金的固定資產時，可以用增值稅銷項稅金抵減留抵稅額，留抵稅額抵頂完畢的，需繳納增值稅；留抵稅金未抵減完畢并將存貨和已抵扣進項稅金的固定資產作為剩余財產向股東分配的，其留抵稅金稅務機關不再退稅，鑒于留抵稅額屬于“應交稅費”的一項內容，應作為“負債清償損益”處理。應將其填入《企業清算所得稅申報表填報說明》（國稅函〔2009〕388號）附表二《負債清償損益明細表》第9行“應交稅費”中，并以此在清算申報表主表第二行“負債清償損益”中反映。
　　需要說明的是，盡管《企業清算所得稅申報表》包括“清算稅金及附加”項目，清算稅金及附加主要指清算環節發生的除企業所得稅和允許抵扣的增值稅以外的各項稅金及其附加，企業清算環節繳納的增值稅無法在本企業抵扣，不再將其作為價外稅，允許作為“清算稅金及附加”處理。
　　三是企業清算時沒有存貨和已抵扣進項稅金的固定資產，直接將剩余財產向股東分配，稅務機關對留抵稅金不再退稅，將其填入《企業清算所得稅申報表填報說明》（國稅函〔2009〕388號）附表二《負債清償損益明細表》第九行“應交稅費”。
　　綜上所述，企業在注銷清算時，應考慮好留抵進項稅額的處理問題，否則可能出現少計“負債清償損益”，多繳清算企業所得稅的情況，或者被稅務部門追繳稅款、滯納金以及受到稅務行政處罰。