《企業所得稅法》規定，企業以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入，為收入總額。因此，企業從政府處獲得搬遷補償款，無論是貨幣資金還是非貨幣資金，從性質和根源上均構成稅收上的收入。企業在納稅申報時，應按稅收規定進行稅務處理。考慮到企業取得搬遷補償款將用于彌補搬遷損失和支付重建成本，為減輕企業稅收資金占用負擔，對將搬遷補償款確實用于安排搬遷成本的，國家稅務總局下發了《關于企業政策性搬遷或處置收入有關企業所得稅處理問題的通知》（國稅函[2009]118號），按企業是否有搬遷規劃，明確了具體的稅務處理方法：
　　一是企業沒有重置固定資產（用企業搬遷補償款購置或建造與搬遷前相同或類似性質、用途或者新的固定資產和土地使用權），或沒有改良固定資產、技術改造或沒有購置其他固定資產的計劃或立項報告，企業應以搬遷補償款加上各類拆遷固定資產的變賣收入、減除各類拆遷固定資產的折余價值和處置費用，將其余額計入企業當年應納稅所得額。
　　二是企業有相應的搬遷規劃，根據搬遷規劃，異地重建后恢復原有或轉換新的生產經營業務，重置固定資產，或對其他固定資產進行改良，或進行技術改造，或安置職工的，對取得的搬遷補償款，準予扣除固定資產重置或改良支出、技術改造支出和職工安置支出，其余額計入企業應納稅所得額。考慮到企業搬遷的階段性需要，稅收上制定了企業可以推遲（遞延）確認收入的優惠政策。
　　為約束企業確實將搬遷補償款用于再生產，稅收對企業搬遷補償款推遲確認收入在時間上作了限制性規定。即企業從規劃搬遷次年起的五年內，搬遷補償款暫不計入應納稅所得額；在五年期內完成搬遷的，搬遷補償款余額應并入完成搬遷當年的應納稅所得額，計算繳納企業所得稅。五年期滿后，如果企業仍未完成搬遷，即使在搬遷規劃確定的計劃內，在規劃搬遷次年起的第六年，也要將搬遷補償款余額并入當年應納稅所得額，按規定納稅。